Спустя 30 лет по преставлении преподобного Сергия Бог благоволил явить миру сокровище святыни. Незадолго перед построением нового храма во имя Живоначальной Троицы преподобный Сергий явился одному благочестивому мужу, жившему близ обители, и повелел возвестить игумену и братии: «Вскую мя остависте толико время во гробе, землею покровена, воде утесняющей тело мое?». И преподобный Никон, приступая к созданию каменного храма, в присутствии крестного сына Сергиева, князя Звенигородского и Галичского Юрия Димитриевича, при копании рвов обрел и изнес из земли мощи отца своего 5 июля 1422 года. При открытии гроба разлилось благоухание необыкновенное. И не только тело чудотворца оказалось нетленным, но и одежды его были невредимы, хотя с обоих сторон гроба стояла вода. Мощи на время были поставлены в деревянной Троицкой церкви (на том месте находится теперь церковь Сошествия Святаго Духа.) Каменный храм, как место покоя великого Сергия, созидался и украшался с благоговейной любовью и с усердными молитвами. Над украшением сего святилища потрудились преподобные иконописцы Даниил и Андрей Рублев (память 4/17 июля). При освящении в 1426 году каменного Троицкого собора святые мощи были перенесены в него. И доныне стоит этот храм Никонова строения, не потрясаемый веками, и освящает молящихся, и руки нечестивых доныне не прикасались к нему.
Все нити духовной жизни Русской Церкви сходятся к великому Радонежскому угоднику и чудотворцу, по всей Православной России благодатные животворящие токи распространяются от основанной им Троицкой обители. Духовный вклад преподобного Сергия в богословское учение о Святой Троице особенно велик, ибо он глубоко прозирал сокровенные тайны «умными очами» подвижника – в молитвенном восхождении к Триипостасному Богу, в опытном богообщении и богоуподоблении.
Радонежский подвижник, его ученики и собеседники обогатили Русскую и Вселенскую Церковь новым богословским и литургическим ведением и видением Живоначальной Троицы, Начала и Источника жизни, являющей Себя миру и человеку в соборности Церкви, братском единении и жертвенной искупительной любви ее пастырей и чад.
Духовным символом собирания Руси в единстве и любви исторического подвига народа стал храм Живоначальной Троицы, воздвигнутый преподобным Сергием «чтобы постоянным взиранием на Нее побеждался страх ненавистной розни мира сего». «Ненавистная рознь», раздоры и смятения мирской жизни преодолевались иноческим общежитием, насажденным преподобным Сергием по всей Руси. Обитель преподобного Сергия стала для Русской Церкви образцом восстановления первозданного единства и святости человеческой природы, которая была создана Творцом по образу Божественного Триединства. В ней воспитались святые, принесшие затем начертание истинного пути Христова в отдаленные пределы. Во всех своих трудах и деяниях прп. Сергий и его ученики воцерковляли жизнь, давая народу живой пример возможности этого. Не отрекаясь от земного, но преображая его, они звали восходить и сами восходили к небесному.
К преподобному Сергию, как к неиссякаемому источнику молитвенного духа и благодати Господней, во все времена шли на поклонение – для назидания и молитвы, за помощью и исцелением – тысячи народа. И каждого из прибегающих с верою к его чудотворным мощам он исцеляет и возрождает, исполняет силы и веры, преображает и возводит к своей светоносной духовности.
Не только духовные дары и благодатные исцеления подаются всем, приходящим с верою к мощам преподобного, но ему дана также от Бога благодать защищать от врагов Русскую землю. Своими молитвами преподобный был с воинством Димитрия Донского на Куликовом поле; он благословил на ратный подвиг своих постриженников – иноков Александра Пересвета и Андрея Ослябю. Он указал Иоанну Грозному место для сооружения крепости Свияжска и помогал в победе над Казанью. Во время польского нашествия преподобный Сергий явился во сне нижегородскому гражданину Косме Минину, повелевая собирать казну и вооружать войско для освобождения Москвы и Русского государства. И когда в 1612 году ополчение Минина и Пожарского после молебна у Святой Троицы двинулись к Москве, благодатный ветер развевал православные стяги, «яко от гроба самаго чудотворца Сергия».
К периоду Смутного времени и польского нашествия относится героическое «Троицкое сидение», когда многие иноки по благословению преподобного игумена Дионисия (память 12/25 мая) повторили священный ратный подвиг Сергиевых учеников Пересвета и Осляби. Полтора года – с 23 сентября 1608 года по 12 января 1610 года – осаждали поляки обитель Живоначальной Троицы, желая разграбить и разрушить этот священный оплот православия. Но заступлением Пречистой Богородицы и молитвами преподобного Сергия «со многим стыдом» бежали наконец от стен монастыря, гонимые Божиим гневом, а вскоре и сам предводитель их, Лисовский, погиб лютой смертью как раз в день памяти преподобного Сергия, 25 сентября 1617 года. В 1618 году приходил к стенам Святой Троицы сам польский королевич Владислав, но, бессильный против охраняющей обитель благодати Господней, вынужден был подписать перемирие с Россией в принадлежавшем монастырю селе Деулино. Позже здесь был воздвигнут храм во имя преподобного Сергия.
А в 1812 году, когда Наполеон поднялся на колокольню Ивана Великого, чтобы полюбоваться окрестностями Москвы, то был устрашен видением: по воздуху приближались три армии русских с необыкновенным предводителем – монахом с крестом в руках. И это был покровитель Москвы и Руси преподобный Сергий, Радонежский чудотворец.
В последующее время обитель продолжала быть неоскудевающим светочем духовной жизни и церковного просвещения. Из ее братии избирались на чреду служения многие прославленные иерархи Русской Церкви. В 1744 году обитель за заслуги перед родиной и верой стала именоваться Лаврой. В 1742 году в ее ограде учреждена духовная семинария, в 1814 году сюда была переведена Московская духовная академия.
И ныне Дом Живоначальной Троицы служит одним из главных благодатных центров Русской Православной Церкви. Здесь изволением Святаго Духа совершаются деяния Поместных Соборов Русской Церкви. В обители имеет местопребывание святейший патриарх Московский и всея Руси, который носит на себе особенное благословение преподобного Сергия, являясь по установившемуся правилу «Свято-Троицкой Сергиевой лавры священноархимандритом». Но самое главное: на этом небольшом островке среди многомятежного мира, под покровом Царицы Небесной, обещавшей быть неотступной от места сего, особенно чувствуется умиротворяющее дыхание вечности; именно здесь ощущается, что отечество – это не только земля, не только поля, реки и горы, но это прежде всего люди, это наши святые отцы, которые рождают нас духовно, те отцы, которые руководят нас в Царствие Небесное.
5/18 июля, день обретения мощей святого аввы Сергия, игумена Русской земли, – самое многолюдное и торжественное церковное празднество в обители.